Pesantren Gratis Klaten berada di bawah naungan Yayasan Bina Insani Yatim Dhuafa yang telah disahkan oleh Kementerian Hukum dan HAM Republik Indonesia dengan nomor AHU-0005311.AH.01.12.Tahun 2019. Pesantren telah melalui proses pendaftaran, verifikasi, serta penetapan resmi oleh Kementerian Agama Republik Indonesia.

Dengan penetapan ini, Pesantren Gratis Klaten memiliki kewenangan untuk menyelenggarakan kegiatan pendidikan pesantren, pembinaan keislaman, serta kegiatan sosial dan dakwah, sesuai dengan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.

Sebagai bentuk tertib administrasi, Pesantren Gratis Klaten juga telah menerima Piagam Statistik Pesantren yang diterbitkan secara resmi dan ditandatangani secara elektronik oleh Kementerian Agama Republik Indonesia melalui sistem keamanan negara.

Legalitas ini menjadi bukti komitmen kami dalam menjalankan amanah pendidikan dan pengelolaan pesantren secara resmi, transparan, dan bertanggung jawab, serta menjadi jaminan bagi masyarakat dan para donatur bahwa seluruh kegiatan pesantren berjalan di atas dasar hukum yang sah.